Non sappiamo il nome antico di questo piccolo centro abitato;
Civita è un nome comune che deriva dal latino Civitas che significa città.
Certo è che nel 600 d.C. si chiamava Balneum Regis, come risulta in una lettera del papa S. Gregorio Magno al vescovo di Chiusi.
In epoca medievale Balneum Regis era costituita da tre contrade principali, Civita, Mercato e Rota o Roda, quest'ultima, successivamente, prese da sola il nome di Bagnoregio.
Anticamente però era Civita la contrada più importante, sede delle autorità civili e religiose.
I reperti rinvenuti indicano che il territorio era abitato fin dall'età della pietra, ma le numerose tombe, rinvenute intorno alla città, testimoniano un importante insediamento etrusco.
Fu, come tutto il territorio circostante, assoggettato ai romani i quali, costruendo nuovi assi stradali, come la Cassia, fecero perdere l'antica importanza di questo centro abitato.
Successivamente con il disgregarsi dell'Impero Romano e l'avanzare delle orde dei Barbari, Civita divenne nuovamente un centro fiorente per la facilità difensiva che la sua natura offriva ai suoi abitanti.
Sul finire dell'anno mille era un feudo molto importante, la sua diocesi comprendeva addirittura città come Bomarzo, Vitorchiano, Ferento, confinando con Orvieto e il fiume Tevere.
Intorno al 1150 divenne libero Comune.
In questi anni nasce a Civita il suo uomo più illustre: San Bonaventura, Dottore Serafico della chiesa.
Le famiglie più importanti abitano a Civita, anche se Rota comincia la sua espansione.
Ma i torrenti, con il loro incessante lavorio, scavano sempre più profondamente il terreno intorno al centro abitato, fino a creare lo scenario attuale. Non solo, nel 1695 un terremoto devastante fa crollare nei precipizi intere contrade dell'antica città, persino la casa natale di san Bonaventura scompare nel vuoto.
Le autorità decisero allora di trasferire la residenza vescovile, la Chiesa Cattedrale, il Municipio nella contrada di Rota che aveva subito meno danni.
L'antica chiesa collegiata di Rota, per motu proprio del papa Innocenzo XII, datato 16 febbraio 1699, prese il titolo di Cattedrale intitolata ai santi Nicola e Donato.
Dal 1496 fino al 1612, Bagnoregio fu governata da un Cardinale Governatore, nominato dal Papa, successivamente passò sotto la provincia di Viterbo.
Sul finire del 1700 subì le prepotenze dei soldati di Napoleone e l'attuazione delle leggi antimonastiche. Nel 1867, precisamente il 5 ottobre, una battaglia cruenta fu combattuta alle porte di Bagnoregio tra le forze garibaldine e le forze pontificie.
Quest'ultime riuscirono ad avere la meglio, ma fu una vittoria vana, perché l'11 settembre del 1870 forze italiane provenienti da Orvieto occuparono definitivamente Bagnoregio annettendola al Regno d'Italia.
Durante la Seconda Guerra Mondiale rischiò dapprima una dura rappresaglia da parte di tedeschi in ritirata e poi di essere bombardata dagli alleati che non riuscivano ad avanzare.
Soltanto il coraggioso intervento del vescovo monsignor La Rosa evitò il peggio, salvando molte vite umane e l'intera città.
La strada che collegava Civita a Bagnoregio, rinforzata in alcuni punti con opere murarie, fu comunque fatta saltare dai tedeschi, isolando il paese dal resto del mondo. Dopo la guerra una passerella in ferro permetteva il transito verso Civita.
Nel 1964, per intervento dello scrittore bagnorese Bonaventura Tecchi, venne costruito il moderno ponte in calcestruzzo per poter far rivivere il "il paese che muore", definizione coniata dallo stesso scrittore per questo paese tanto vulnerabile quanto orgoglioso di esistere.